Μεγάλη αξία έχει επίσης η ιχθυοπανίδα της λίμνης και εδώ υπάρχουν ενδημικά είδη και σπάνια ψάρια του γλυκού νερού όπως η Γουρνάρα, η Τσερούκλα, το Στρωσίδι, η Τριχωνοβελονίτσα, το Γλανίδι, ο Νανογοβιός (που είναι ενδημικό της Τριχωνίδας και το μήκος του είναι μόλις 2 εκατοστά), Κυπρίνι (Γριβάδι), Χέλι κ,α. Στα νερά της ζούν ακόμη σπόγγοι, οστρακώδη και μαλάκια. Στα νερά των ρεμάτων, κυρίως στις εκβολές τους, ζούν αρκετά ψάρια όπως: η Μπούλκα, η Μπριάνα, η Λιάρα, η Νιάσκα (Τσίμα).